هناك تحديات كبرى تواجهها محركات البحث عموما، ومشاكل مزمنة هي:

• الشبكة العنكبوتية (الوب) تنمو أسرع كثيرا مما قد يستطيع فهرسته أي محرك بحث بالتقنية الحالية.
• صفحات وِب كثيرة يجري تحديثها مرارا، مما يدفع محرك البحث لزيارتها مجددا بشكل دوري.
• طلبيات المعلومات queries التي يقوم بها المرء محصورة حاليا على البحث بالكلمات المفتاحية، والتي قد تتسبب في الكثير من نتائج إيجابية زائفة.
• المواقع المولّدة آليا (الدينامكية) ربما تكون بطيئة أو صعبة الفهرسة، أو قد تتسبب في قدوم النتائج بإفراط من موقع واحد.
• الكثير من المواقع المولّدة آليا (الدينامكية) غير قابلة للفهرسة بواسطة محركات البحث؛ وهذه الظاهرة تعرف باسم ’الشبكة غير المرئية‘ – أيْ الصفحات والمواقع الخافية عن محركات البحث ولا يمكن الوصول لها إلا بالصدفة أثناء التصفح أو الروابط داخل صفحات أخرى أو الإعلانات إلخ.
• بعض المواقع لا تطلب النتائج بمدى الصلة، وإنما بحسب كم دفعت لها تلك المواقع من النقود، ليست المحركات أمينة بشكل كامل أو متساوٍ إذن.
• بعض المواقع تصنع خدعا للتلاعب بمحرك البحث ليعرضها في النتائج الأولى كرد على بعض الكلمات المفتاحية. وربما يؤدي هذا لتلوث بعض نتائج البحث، مع تأخر الروابط الأوثق صلة في ترتيب قائمة النتائج.
• معظم المحركات تبحث عن كلمات منفصلة وليس تتابعا معينا من العلامات (إلا بالنسبة لأسماء النطاقات)، فمثلا البحث بالمقطع "phobia" لن يأتي لك بكل الكلمات التي آخرها المقطع phobia، بل سيأتي بالصفحات التي وردت فيها كلمة "phobia" منفصلة.
• هناك معلومات على الشبكة لا يمكن الوصول لها بالبحث أو غيره (كالمجموعات البريدية المغلقة mailing groups، والقوائم البريدية mailing lists عموما).
• بعض الملفات النصية (پي دي إف مثلا) أو النصوص الفائقة hypertext تدخل فيها النصوص في هيئة صور وليس علامات مما يجعلها غير قابلة للبحث أصلا.

وإلى جانب هذه المشاكل والعيوب، فلمحركات البحث العربية والبحث العربي عموما مشاكلهما الخاصة، ومنها:

• حروف پ چ ڤ لا يشملها البحث بالتبادل مع ب ج ف، فمثلا البحث بـ "جيهان" غير البحث بـ "چيهان"
• إذا وجدت علامة التطويل (الكشيدة kashida) – وهي عربية الأصل – في كلمة بنص عربي على صفحة وب، يعتبرها محرك البحث حرفا وبالتالي لا تأتي الكلمة في النتائج. مثلا لن يظهر النص الذي به كلمة "عبـاسية" (وبها تطويل بعد الباء: بـ) في نتائج البحث عن "عباسية".
• علامات التشكيل أيضا لا يتجاهلها محرك البحث ويعتبرها حروفا، وبهذا فإن حرص بعض المواقع العربية على التشكيل يقلل احتمالات ظهورها في نتائج البحث.
• الياء اللينة تكتب أحيانا بنقطتين (مصري) وأحيانا بدون (مصرى) وكذلك التاء المربوطة (تنمية) إذ يكتبها البعض هاء (تنميه).
• البعض يترك مسافات بعد واو العطف (ولد و بنت) والبعض لا يترك (ولد وبنت).
• يندر وجود متخصصين أو عارفين بالمادة والبرمجة معا، مما ينتج عنه غالبا أن تكون للفنيين اليد الطولى في إدارة المحتوى على المواقع وإلا عاد – في أحسن الاحوال – للمحرر في كل خطوة (لتحرير أي نص أو تصنيف أي موضوع إلخ).
• الكثير من أسماء الأعلام العربية تكتب بتنويعات كثيرة بالحروف اللاتينية، حتى الاسم الأشهر: Mohamed وMohammed وMohamad وMohammad وMuhamad وMuhamed وMuhammad وMuhammed وMahammad وMahammed وMahamad وMahamed، وهو ما يضع الواحد في حالة البحث عن اسم كامل أمام حتمية البحث بكل هذه الاحتمالات!